Si distingue dalla prima lettera a Timoteo a da quella a Tito, soprattutto perché testimonia una tenera relazione di paternità spirituale di Paolo con il discepolo Timoteo. La lettera è, infatti, indirizzata "a Timoteo, figlio carissimo" (2Tim 1,2). I brani che illustrano questa relazione sono diversi. Fin dai primi versetti, Paolo ricorda il suo affetto per Timoteo: «Mi tornano alla mente le tue lacrime e sento la nostalgia di rivederti per essere pieno di gioia. Mi ricordo infatti della tua schietta fede, che ebbero anche tua nonna Lòide e tua madre Eunìce, e che ora, ne sono certo, è anche in te» (2Tim 1,4-5).
Timoteo doveva avere un carattere timido, che rischiava di farlo cadere nella rassegnazione e nell'inerzia. Paolo lo esorta a "ravvivare il dono ricevuto da Dio". Divenuto responsabile delle comunità, Paolo, come un padre, lo incoraggia a perseverare, con autorevolezza, nella sua missione (cfr 2Tim 1,6-8). Paolo è, per Timoteo, padre e maestro da imitare, per la capacità di soffrire per Cristo e di predicare il messaggio, coraggiosamente, anche in mezzo alle persecuzioni e a rischio della propria vita (cfr. 2Tim 3,10-11).

Diversi brani della lettera richiamano a un testamento spirituale che il padre affida al figlio (cfr. 2Tim 4,1-8). Per questo motivo alcuni studiosi ritengono che la seconda lettera a Timoteo potrebbe essere stata scritta direttamente da Paolo. O perlomeno, essa riporterebbe memorie autorevoli che aiutano a ricostruire alcuni particolari dell'ultimo periodo della vita di Paolo (cfr. 2Tim 4,9-18).

La seconda lettera a Timoteo può essere definita un programma pastorale affidato ai responsabili delle comunità. Esso è redatto tramite una comunicazione di tipo epistolare la quale rinnova, in maniera molto viva, la memoria della relazione paterna di Paolo verso Timoteo, suo figlio nella fede. Al tempo della composizione della lettera, Paolo forse era già morto e Timoteo vive una nuova situazione socio ecclesiale. Tocca a lui, vero discepolo di Paolo, continuare come il suo maestro a guidare la comunità con coraggio, affrontando le difficoltà connesse al ministero. Dovrà, in particolare, fondare la sua vita sulla parola di Dio e la dovrà annunciare sempre. Solo dalla Parola il pastore riceverà alimento per vivere nella fede e sostegno della missione. La fedeltà alla Parola lo renderà pastore autorevole, capace di affrontare i falsi maestri, che dicono ma non fanno e, con il loro cattivo esempio, trascinano altri fuori dalla retta via.
La seconda lettera a Timoteo, tra i libri del Nuovo testamento, è quella che offre una interessante definizione della Sacra Scrittura, dell'ispirazione e dell'importanza della parola di Dio nella vita di ogni cristiano: «Tutta la Scrittura, ispirata da Dio, è anche utile per insegnare, convincere, correggere ed educare nella giustizia, perché l'uomo di Dio sia completo e ben preparato per ogni opera buona» (2Tim 3,16-17).